Az EDI üzeneteket természetesen elektronikus levelekben is lehet forgalmazni. Itt is kétféle levelezést lehet megkülönböztetni. Az elterjedtebb, de problémásabb levelezés esetén internet mailboxokat és SMTP szabványajánlást használnak. Az internet mail ugyan olcsóbb megoldás, de a mai spam és kontra-spam szűrő világban problematikus az automatikus üzleti kapcsolatokban. Az SMTP borítékból való ki és becsomagolás sem szabványos ezért esetleges. Manapság a spamezéssel eldurvult internetes levelező világ miatt egyre kevésbé használják.
A szabványosabb és „üzletibb” levelezés esetén X.400 mailboxokat használnak az üzenetek továbbítására. Az X.400 üzleti levelezési szolgáltatás egyszerűen kimaradt hazánk távközlési történetéből, ami ma is jelentős problémákat okoz az ületi és adminisztrációs elektronikus levelezésben. Ezért nem lehet például a mai napig szabványok alapján hivatalosan elfogadott „ajánlott” és „tértivevényes” elektronikus leveleket forgalmazni. Nyugat Európában és Észak Amerikában a mai napig az üzleti levelező rendszerek jelentik a hivatalos levezés gerincét. Az EDI alapvetően egy üzleti és adminisztratív rendszer, ezért logikus volt, hogy az EDI üzenettovábbítás, az X.400 szabványú üzleti levelező rendszeren forgalmazódjon. A fent említett VAN-ok többnyire ezt a típusú EDI-t használják belső hálózataikban és X.400 levelezési borítékba csomagolják az EDI üzeneteket az X.435 szabvány szerint. A VAN-ok egymásközti kapcsolatai is többnyire X.400 hálózaton történik. Hazánkban az országos X.400 levelezési gerinchálózat hiánya miatt nem elterjedt módja az EDI továbbításnak az X.400, de igény esetén van olyan EDI szolgáltató, aki biztosítja az X.400 kapcsolatot.
