A saját EDI rendszerben a partnerekkel közvetlen EDI kommunikációs csatornákon történik az adatcsere. A közvetlen EDI kommunikációban különféle titkosító és azonosító protokollokat lehet használni, mint az AS2, OFTP2, FTPS, SFTP, stb. Több partner esetén a saját kommunikációs csatornák egységes kezelése eléggé költséges és esetleges, ezért ritka megoldás több partnerkapcsolat esetén a saját EDI. Fontos dolog még az is, hogy a sajátkörben kialakított kommunikáció esetén a fordítást is saját körben kell megvalósítani, amik szintén jelentős rendelkezésre állási követelményeket és költségeket jelentenek.