Kétféle kommunikációs egyeztetés van a szolgáltatói EDI bevezetés esetében. Egyik a cég és a szolgáltató között jön létre, amin a cég saját file formátumait forgamazza, a másik a szolgáltató és partnere között jön létre a már említett kommunikációs adatlap alapján. Ez utóbbi kialakítását általában a szolgáltató végzi, a cég és a szolgáltató közti adatkapcsolat kialakításába viszont a cég IT munkatársait is be kell vonni.
A kommunikáció kiépítése sokféle lehet:
AS2
Az IETF által fejlesztett protokoll újabb verziója, ami biztonságos és megbízható adatátvitelt biztosít az interneten, HTTP protokoll használatával. Az azonosításhoz és a titkosításhoz az AS2 protokoll tanúsítványokat használ.
OFTP
ODETTE File Transfer Protocol: ODETTE által definiált file továbbítási protokoll az európai autóipar számára. A protokoll régebben X.25, majd ISDN vonalon működött. Ez utóbbi még most is elterjedt használat, de egyre többen állnak át az internet feletti biztonságos OFTP2 protokollra.
OFTP2
Az OFTP további verziója, ami annak biztonságos, internet felett futó verziójának is tekinthető. A protokoll adattömörítést, tanúsítványkezelt azonosítást, adattikosítást és a nagy file-ok megszakításmentes kezelését teszi lehetővé az OFTP-hez képest.
FTP
File Transfer Protocol: File-ok egyik számítógépről, másik számítógépre küldésének szabványos módját, hálózati protokollját jelenti. Interneten keresztüli file-továbbításban is elterjedten alkalmazzák.
FTPS
File Transfer Secure Protocol az FTP kiterjesztése, ami lehetővé teszi a TLS (Transport Layer Security) és az SSL (Secure Sockets Layer) titkosító protokollok használatát a file továbbításban. Nem tévesztendő össze a SFTP protokollal, ami az SSH (Secure Shell) protokoll, - FTPS protokollal inkompatibilis, - file-továbbítási keret-protokollja. Szintén különbözik a Secure FTP-től, ami egy FTP kapcsolat biztonságos SSH kapcsolaton keresztüli átvezetését jelenti.
SFTP
Secure File Transfer Protocol, olyan hálózati protokollt jelent, ami file továbbítási és kezelési funkciókat valósit meg biztonságos adatkapcsolati protokollokat alkalmazva. Eredetileg az SSH (Secure Shell) v2.0 protokoll kiterjesztéseként fejlesztették ki, de használható más titkosító protokollok felett is. Így TLS protokollal is használható, illetve elterjedten alkalmazzák VPN elérésekben is. Az SFTP protokoll mindig azt feltételezi, hogy olyan biztonsági adatkapcsolaton fut, ami elvégzi az azonosításokat és a vonali titkosításokat (például SSH).
HTTP
HyperText Transfer Protocol-t web lapok illetve web komponensek közti file-cserére használják az interneten. A HTTP file cserében a web böngészők tipikusan kliensalkalmazást jelentenek a web szerverek alkalmazásaival kapcsolatban. A http többnyire az internetes TCP/IP protokollokon fut, de más internetes és hálózati protokollok felett is alkalmazható.
HTTPS
HyperText Transfer Protocol Secure protokoll a HTTP protokoll és az SSL/TLS protokoll kombinációja, ami lehetővé teszi, az adatkapcsolatok azonosítását és titkosítását a web böngésző és a web szerver alkalmazások között.
SMTP
Simple Mail Transfer Protocol: Üzenettovábbítási hálózati protokoll, az internetes e-mail továbbítás legelterjedtebb protokollja. A POP és IMAP üzenettárolási protokollokkal az internetes levelezést biztosítják.
X.400
Üzleti levelező rendszer, ami az X.400 szabványon alapulva végzi az elektronikus levelek tárolását és továbbítását. Az SMTP-POP szabványajánlás az X.400 szabvány egyszerűsített, de kevésbé nyomonkövethető és kevésbé biztonságos változatának tekinthető. Ezek a hiányosságok kezdik az internetes levelezés problémáit okozni (pl.: spam-ek) A nyugati világban viszont a mai napig használják az üzleti levelező rendszereket EDI üzenetek továbbítására. Az EDI üzenetek file-ait az X.435 protokoll szerint csomagolják be az X.400-as levélborítékba.
VAN
EDI partnerek más, többnyire külföldi EDI hálózatban való elérése.
ebMS
Az ebXML Messaging Service (MS) megbízható és biztonságos SOAP/Web Service alapú adatcsomagolási, továbbítási és routingolási protokollt jelent, amit az ebXML specifikáció definiált. Az ebMS nyilt szabvány, ezért nem függ az alatta futó továbbító protokolloktól, mint HTTP és SMTP. Az ebMS-t többnyire SOAP/Web szervizen keresztüli ebXML dokumentumcserében szokták alkalmazni.