Az EDI szolgáltatás bevezetésével jelentős költségcsökkentések érhetők el. A költségcsökkentések egyrészt kiadáscsökkentéssel, másrészt  a kiadások elkerülésével érhetők el. Az alábbi felsorolásában néhány, az EDI szolgáltatás bevezetésétől várható költségmegtakarítási formát említünk meg:

Felesleges kiadások megszüntetése, ami az ügymenetbeli felesleges emberi tevékenységek megszüntetésével érhető el. Ilyenek a postai küldeményekkel járó manuális tevékenységek, humán dokumentum ellenőrzések és adatbevitelek. Az EDI szolgáltatás bevezetésével értelemszerűen csökkennek a papír, a borítékhasználat és a postázás költségei. Hasonlóan csökkennek a dokumentumkövetéssel kapcsolatos telefonköltségek és persze magának a továbbításnak a költségei.  Jelentős költségcsökkentés érhető el azzal, hogy nagymértékben csökken a papírdokumentumok tárolási igénye (pl.: számlák esetében)

Lényeges költségcsökkenés várható a hibaráták csökkenésétől, ami a hibakeresés és felderítés manuális költségeinek elkerüléséből adódik.

Az áruk tárolási költsége jelentően csökkenhet a megrendelési és szállítási folyamatok rövidülésével. A pontos és rövid megrendelési és szállítási folyamatok lehetővé teszik a biztonsági tartalékok csökkentését az áruk tárolásában. Az alacsonyabb tárolási kötelezettség csökkentik a tárolásban történő mozgatási és szortírozási költségeket is. A tárolási költségek egy adott vállalkozás esetében akár a termékek teljes előállítási értékének 90 százalékára is rúghatnak, ezért itt drámai költségcsökkentések érhetők el. Autógyárak esetében leginkább ezért vezették be a Just in Time (JIT) termelési rendszereket.